Sosyal medya hesabından gündeme ilişkin yaptığı paylaşımlarla adından sıkça söz ettiren Şahan Gökbakar, Libya’da görev yaparken şehit düşen MİT mensubunun kimlik bilgilerinin ifşa edilmesine ilişkin yeniden cezalandırılan Murat Ağırel, Barış Pehlivan ve Hülya Kılınç'ın tutuklanması hakkında yaptığı eleştiriyle olay oldu.
Gökbakar, tutuklanarak cezaevine gönderilen gazeteciler için sosyal medya hesabında yaptığı paylaşımda "Hırsızın, uğursuzun, katilin, tecavüzcünün, dolandırıcının, kaçakçının, yolsuzun dışarda gezdiği, ama haber yapan gazetecinin hapise girdiği bir sistem içerisinde olmak beni çok üzüyor, yoruyor ve mutsuz ediyor." ifadelerini kullandı.